欠平衡钻井要比常规钻井更危险。但在钻井过程中通过精心的管理，特别是在钻井过程中严格按照设计、培训和作业方法办事可以减少其危险性。
首先，管理系统应该符合ISO9001标准，其次是与客户取得联系，并将意见反馈到管理系统以便进行改进。高质量的管理系统要能满足作业、质量和HSE管理系统的要求。
良好的管理系统的关键因素包括领导、承诺、目的、设计、组织、执行、监督、评价和管理变更。
1.健康、安全和环境（HSE）
在过去几十年里，健康、安全和环境的管理以及三者间的配合成为一个较大的问题，而且正在成为欠平衡钻井工程管理和施工必须关注的重要内容。为了保证安全和作业效率，参与欠平衡作业的所有人员应该熟悉工艺、设备和使用方法。因此，有必要从工程设计的早期阶段就考虑HSE问题，同时这些问题的管理也应包括在工程管理设计中。
2.危险标志
危险标志是指在工程设计的早期阶段，用来鉴别需要排除和控制的大事故的定性评价技术。
由多学科工作组来进行具体研究，研究时使用的是分步实施法，利用导向词一览表来鉴别和评价事故对发展战略的影响。危险标志的目标是尽可能多地鉴别出事故隐患，并对目前是否能完全控制这些事故隐患做出评价。如果不能完全控制，要开发和使用事故消除法和事故控制法来应付已鉴别出的各种特殊事故。
危险标志必须由训练有素、经验丰富的服务公司来实施。
3.事故和可操作性（HAZOP）
在欠平衡钻井的总体设计和分步设计阶段，事故和可操作性研究是一种主要手段。利用定性评价技术可以鉴别出与欠平衡钻井设计和所使用方法存在的问题、效果和可操作性，而且在欠平衡钻井作业中必须克服或控制这些问题。
具体做法由多学科工作组实施，使用的是参数与导向词相结合的分步实施法，以便系统鉴别事故和可操作性。
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